Susunan organisasi LPMP berdasarkan Peraturan Menteri Pendidikan Nasional RI Nomor 7 Tahun 2007 tentang Organisasi dan Tata Kerja Lembaga Penjaminan Mutu Pendidikan, terdiri atas :

1. Kepala
2. Subbagian Umum
3. Seksi Program dan Sistem Informasi
4. Seksi Pemetaan Mutu dan Supervisi
5. Seksi Fasilitasi Sumber Daya Pendidikan
6. Kelompok Jabatan Fungsional

Subbagian Umum mempunyai tugas melakukan urusan perencanaan, keuangan, kepegawaian, ketatausahaan, ketatalaksanaan, dan kerumahtanggaan LPMP.

Seksi Program dan Sistem Informasi mempunyai tugas melakukan penyusunan program, pengembangan, dan pengelolaan sistem informasi mutu pendidikan.

Seksi Pemetaan Mutu dan Supervisi mempunyai tugas melakukan pemetaan, analisis dan supervisi penjaminan mutu satuan pendidikan dalam pencapaian standar mutu pendidikan nasional.

Seksi Fasilitasi Sumberdaya Pendidikan mempunyai tugas melakukan fasilitasi sumberdaya pendidikan terhadap satuan pendidikan dasar dan menengah dalam penjaminan mutu pendidikan.

Kelompok Jabatan Fungsional terdiri atas sejumlah jabatan fungsional yang terbagi dalam berbagai kelompok sesuai dengan bidang tugasnya (di antaranya adalah Widyaiswara). Kelompok Jabatan Fungsional dipimpin oleh seorang tenaga fungsional sebagai koordinator yang ditunjuk oleh dan bertanggung jawab kepada Kepala LPMP